به گزارش خبرگزاری بین‌المللی قرآن (ایکنا)، متن کامل پاسخ نکونام به شرح ذیل است:
من ضمن استقبال از نقد نظریاتم، مناسب می نماید، راجع به مطالب برادر گرامی جناب آقای بابایی نقدی داشته باشم که اینک می‌آید:
1. شاذ و نادر بودن یک سخن هرگز دلیل بر مردود و باطل بودن آن نیست؛ بلکه باید ادله آن سخن را به نقد کشید یا لوازم باطلی برای آن برشمرد. ضمناً علمای شیعه هرگز بر یک نظر نیستند و لذا نمی توان یک نظر خاصی را به تمام ایشان منسوب ساخت. علاوه بر این که نقد یک نظر باید بر اساس منطق و عقل باشد؛ نه هواداری اشخاص و گروه ها.
2. آقای بابایی باید در زمینه این بطونی که برای قرآن ادعا می کند، روشن کند که چه رابطه ای با معنای عرفی آیات دارد و آن از دو حال بیرون نیست: یا با معنای عرفی آیات رابطه منطقی و عقلی دارد یا چنین رابطه ای با معنای عرفی آیات ندارد. اگر با معنای عرفی آیات ربط منطقی داشته باشد، چنین معناهایی در هر کلامی هست و به کلام الهی اختصاص ندارد و اگر با معنای عرفی آیات ربط منطقی ندارد، قابل انتساب به کلام خدا نیست و انتساب آن به کلام الهی تفسیر به رأی دانسته می شود و حرام است.
3. این که آقای بابایی مدعی است که در روایات معصومین معناهایی بدون ربط منطقی به آیات قرآن نسبت داده شده، باید گفت که انتساب چنین روایاتی به معصومین(ع) محل اشکال است.
4. این‌که آقای بابایی مدعی شده است، روایات متواتری در زمینه باطن داشتن قرآن وارد شده، صرف نظر از قبول یا رد ادعای تواتر، هرگز به موجب این روایات نمی توان معناهایی که هیچ ربط منطقی به آیات قرآن ندارد، به قرآن نسبت داد. علاوه بر این‌که این روایات مجمل‌اند و در آنها هیچ بیان روشنی دیده نمی‌شود که مشخص کند، بطون قرآن چه چیزی هستند و اگر دلیلی مجمل بود، هرگز قابل احتجاج و استناد دانسته نمی‌شود.
5. این که گفته‌اند، عرفی دانستن زبان قرآن با حکمت و علم و اراده الهی تناقض دارد، خیلی مجمل است؛ بلکه به عکس می توان گفت که فراعرفی تلقی کردن زبان قرآن با حکمت و علم و اراده الهی تناقض دارد؛ چون غرض خدا از نزول قرآن هدایت مردم است و خدا در قرآن هم زبانی جز همان زبان عرب عصر پیامبر(ص) را اختیار نکرده است؛ لذا باید خدا از الفاظ زبان عرب همان معانی مأنوس عرب را اراده کند و گرنه هدایت الهی محقق نخواهد شد.
یادآور می‌شود، حجت‌الاسلام والمسلمین علی‌اکبر بابایی در مصاحبه‌ای با ایکنا به نقد دیدگاه جعفر نکونام در کرسی نظریه‌پردازی «گفتمان فهم قرآن» پرداخته بود.